Inzoomen: druk op uw toetsenbord op CtrlCommand + +
Uitzoomen: druk op uw toetsenbord op CtrlCommand + -
Gebruik knijpzoomen om eenvoudig in en uit te zoomen

NGSAML project

Laatste wijziging: 14 January 2022

Mutatie spectra en frequentie analyse van retrospectieve acute myeloïde leukemie stalen gebruikmakende van next-generation seauencing: een vergelijkende studie van geselecteerde myeloïde panels

 

Hoofdonderzoeker: prof. dr. Brigitte Maes, Verantwoordelijk onderzoeker: dr. Guy Froyen

 

Myeloïde tumoren zijn een groep van klonale beenmerg aandoeningen die de functie van hematopoëtische stamcellen en cellijn-specifieke differentiatie beïnvloeden. Acute myeloïde leukemie (AML) is een chronische kanker van de myeloïde cellen en wordt gekenmerkt door een snelle groei van abnormale witte bloedcellen die zich ophopen in het beenmerg. Hoewel de subtypering van AML hoofdzakelijk gebaseerd is op morfologische kenmerken zijn de moleculaire karakterisatie van deze subtypen cruciaal voor de juiste diagnose en prognose van de tumor en voor therapeutische stratificatie. Ongeveer 50% van de AML casussen bestaan uit translocaties die resulteren in fusie-genen die de tumorontwikkeling bevorderen. In de overige casussen zijn mutaties in verschillende driver genen terug gevonden, maar in 25% zijn er geen causale mutaties gedetecteerd.

 

Met de recente introductie van de next-generation sequencing (NGS) voor de parallelle sequencing van genen is het nu haalbaar om deze state-of-the-art methode toe te passen in de kliniek om een uitgebreide gen analyse uit te voeren op patiënten stalen om zo retrospectief driver mutaties te identificeren in AML tumor stalen. Aangezien myeloïde tumor panels pas onlangs ontwikkeld zijn voor de selectieve enrichment van mutatie hotspot regio's in relevante driver genen, is ons eerste doel het nagaan van de efficiëntie, gevoeligheid en reproduceerbaarheid van drie myeloïde enrichment panels (TruSight Myeloid Sequencing panel van Illumina, de standaard Ovation target enrichment panel van Nugen en de GeneRead DNAseq Targeted Myeloid panel van Qiagen) in 32 geselecteerde AML stalen met gekende mutaties. Wij zullen screenen voor  somatische (hotspot) mutaties in ongeveer 50 genen (alle drie panels) en voor fusies van ongeveer 40 genen (Nugen panel alleen).

 

De capture methode die het beste resultaat oplevert (uniform, absolute en gen-specifieke coverage en analytische gevoeligheid en specificiteit), zal gebruikt worden voor een volgende reeks van minstens 70 AML weefsel stalen om zo de meest voorkomende mutaties in AML te achterhalen. Indien het Nugen systeem gekozen wordt, zullen de meest voorkomende fusion events ook onderzocht worden.